Em Kiwami, é recontado o arco de personagem nascente para Yakuza.

O jogo inicia com o protagonista da série, Kazuma Kiryu, a ser sentenciado à prisão pelo assassinato do patriarca da sua família (crime que ele não cometeu).

Para piorar a situação, durante os 10 anos da sua detenção, não só o clã de Kiryu o expulsa da yakuza, como também 10 mil milhões de ienes (cerca de 100 milhões de dólares) desaparecem do tesouro do clã. Pior ainda, a namorada de infância de Kiryu também desapareceu e com todo o submundo japonês à procura do dinheiro desaparecido, Kiryu sente-se perdido até encontrar Haruka, uma rapariga órfã à procura da tia que partilha o mesmo nome da amada desaparecida de Kiryu.

O que se segue é uma teia de traição, política de submundo e redenção porque nada irá impedir Kiryu de reconquistar a sua honra.